Quando non registrare le fatture «scartate» è violazione formale

Una società del settore edile ha emesso a maggio 2021 fattura elettronica verso una pubblica amministrazione. La fattura è stata accettata dallo Sistema d'interscambio (Sdi) ma rifiutata dalla Pa. Non è stata emessa nota di credito a storno di tale fattura ma è stata emessa una nuova fattura, questa volta accetta dallo Sdi e dalla Pa. La fattura rifiutata non è state registrata sui registri Iva e quindi la dichiarazione Iva è stata presentata considerando la seconda fattura accettata dalla Pa. Come si deve procedere per regolarizzare la posizione? Può essere considerato una violazione formale la non emissione della nota credito e la non registrazione della fattura considerato che questo non incide sulla determinazione della base imponibile e sul versamento dell'imposta?