Lo smaltimento rifiuti con aliquote differenziate

Vorrei un chiarimento su un aspetto relativo all'Iva nell'ambito di un contratto di appalto pubblico. Un operatore economico si è avvalso di un terzo per eseguire il servizio di smaltimento di rifiuti. Tale terzo ha emesso una fattura nei confronti dell'operatore economico, applicando l'aliquota Iva del 22 per cento. Successivamente, l'operatore economico ha emesso una fattura nei confronti della pubblica amministrazione, applicando un'aliquota Iva del 10% per ottenere il rimborso degli oneri di discarica. L'amministrazione pubblica ha proceduto al versamento dell'Iva all'Erario in split payment, utilizzando l'aliquota del 10% anziché quella del 22 per cento. Evidenziando che si tratta di fatture relative agli anni 2015/2016, e che fino a oggi non è stato effettuato alcun accertamento da parte dell'agenzia delle Entrate, si chiede come comportarsi per regolarizzare questa situazione.